WS_FTP Professional 能達到最強的加密等級，優於市面上其他任何一款檔案傳輸用戶端。 該產品採用領先業界的 256 位元 AES 加密技術及通過驗證的 FIPS 140-2 密碼演算，只要是 透過 SSL/FTPS 及 SSH/SFTP 通訊協定進行檔案傳輸，都能發揮全面的安全防護功能。 SHA256 及 SHA512 檔案驗證技術的檔案完整性檢查功能採用內建的檔案驗證機制，除了 保證能夠順利傳輸之外，也能證明檔案在傳輸過程中完全沒有遭到任何形式的破壞，同時 還能夠確定檔案的來源及目的地完全符合要求。

WS_FTP Professional 內建 OpenPGP 檔案加密功能，可以進一步保障傳輸及儲存私人檔案 與機密檔案時的安全性。WS_FTP Professional 提供兩種內建的 OpenPGP 模式，可以加密 電腦中的每個檔案，讓儲存在本機的檔案也能得到充分的安全保障;還可以防護當成電子 郵件及即時傳訊 (IM) 附件的檔案，或是儲存在筆記型電腦、網路或抽取式媒體中的檔案; 並且可以自動加密要傳輸到遠端伺服器的檔案。